En stor del av SKUNKs verksamhet bygger på olika projekt och samarbeten. Projekten är både lokala och internationella, vissa sträcker sig över några månader medan andra pågår i flera år. Projekten är dels en väg att finansiera verksamheten men framförallt berikar det organisationen genom nya kontakter, nätverk, erfarenheter och kunskap. 

SKUNK har bland annat varit med i tre olika Central Baltic projekt som varat mellan 1-3 år med partners från Finland, Sverige och Estland. Projekten har möjliggjort för SKUNK att ha projektledare anställd på heltid samt möjligheter att utveckla kunskapen inom områden som demokrati och entreprenörskap hos såväl organisationen som ungdomarna i skärgården. Utöver dessa projekt har SKUNK haft samt varit del av många andra. Bland annat ett treårigt projekt med en ungdomscoach för Ålands skärgård och Erasmus+ ungdomsutbyte och ungdomsledarutbyte.